Está raro. Yo creo un directorio llamado test (claro para poder hacer la prueba, con el problema que tienes), dentro de ese directorio tengo un archivo llamado .htaccess y un directorio llamado cpanel y otro dentro de ese llamado cpanel y dentro de ese último uno llamado index.php.
Código directory:
Ver originaltest
.htaccess
cpanel
cpanel
index.php
Cuando llamo por ejemplo
http://localhost/test y en el archivo htaccess tengo lo que te indiqué, me muestra el contenido de cpanel/cpanel/index.php. Qué es lo que hace el htaccess la letra -s lo que indica es que si existe un archivo ejecute el primer rewriterule y la letra -l verifica si es un enalce simbólico. El primero RewriteRule lo que hace es no sobre-escribir la ruta ya que sí existe lo que estás buscando. Si no se cumple ninguna de las dos rewritecond, salta el primer rewriterule y pasa al segundo para redireccionar al archivo específico que le mencioné.