Trata algo así en el directorio principal en el archivo .htaccess
Código Apache:
Ver original# % -> Esta línea la puedes borrar, es para evitar un error con el highlight
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l
RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^.*$ cpanel/cpanel/index.php [NC,L]