Cita:
Iniciado por Nemutagk 
Protegerlos no hay ninguna forma, ofuscarlos por otro lado si es posible, aunque si tu cliente contrata a un programador profesional y especializado en PHP aun es posible entenderle y modificarle aunque en un nivel de complejidad muy alta...
Para ofuscar el código tienes
Zend Guard y
PHP encoder Zend guard no es libre y la opcion de ionCube menos.
Lo recomendable es usar un framework que por lo regular a muchos programadores les causa mucha flojera analizar y otra opción es que tu código siempre lo hagas en módulos separados en funciones y que por lo menos todo lo que será "dibujado" en pantalla como HTML lo pongas en eval(base64_decode(TEXTO CODIGICADO)), en WIndows no se puede proteger a los archivos para que sean inmutables pero usa Linux y usa el comando chattr +i [nombre de archivo].php y con eso tu archivo sera inmutable (no podrá ser cambiado ... a menos que alguien sepa usar dicho comando, pero por experiencia te puedo decir que a muchos programadores se nos llega a olvidar primero revisar el chattr al intentar modificar un archivo.
Te recomiendo invertir esos dolares en una licencia ZendGuard o ion Cube.