el valor llega correctamente, porque dentro de la función utilizo ese valor :
function miBannera(ciudad)
{
var ciudad2=ciudad;
var cuala = Math.floor(Math.random() * maximoa);
var codigoa = '<A HREF="'+urlBannera[cuala]+'" TARGET="'+targetBannera[cuala]+'"><IMG SRC="actualizacion/banners/'+
ciudad +'/'+imgBannera[cuala]+'" ALT="'+altBannera[cuala]+'" BORDER=0 WIDTH=165 HEIGHT=89></A>';
bannera.innerHTML = codigoa;
setTimeout("miBannera('guadalajara')", 5000);
}
toma el valor que debe, en este caso entra a una carpeta llamada guadalajara.