Cita:
Iniciado por Fuzzylog 
Bien puedes meter tu ClaseExterna.class en el classpath de tu aplicación e importarla directamente en los archivos java que vayas creando, teniendo en cuenta que su ruta será el path relativo de la aplicación más las subrutas internas correspondientes (carpetas) o bien puedes meterla en una librería (útil si son varias clases) e importar la librería diretamente en el proyecto.
Estoy de acuerdo con Fuzzylog, pero ese metodo significaria reiniciar la aplicacion para volver a cargar el classpath.
Otra solucion seria impllementar tu propio classpath, al tener tu propio classpath, podrias definirlo tu classLoader el cual va contener los archivos .class.
Busca en google, "loading class from byte[]"
En stackoverflow.com hay un excelente ejemplo del metodo defineClass de la clase ClassLoader que es la que se encarga de definir las clases.
Saludos