Cita: Testeando un poco más, me di cuenta que el margen extra sólo aparece alguna veces luego de hacer un refresh a la página, y como si le estuviese sumando el margin al margin anterior
Algo así me pasó con Chrome hace un tiempo, con un layout muy muy sencillo. No se que es lo que cause el problema :o(
Data sobre lo que pedías:
http://api.jquery.com/height/
Pregunta: estás incluyendo imagenes es el div que queres medir?