gunnertito:
Index principal, hay uno solo, no se entiende que son esos otros index, supongo que te referís a otros index.html que se encuentran en tus subdirectorios.
No confundas el hecho de que tu pagina este indexada con el que aparezca en los resultados de búsqueda de google, son dos cosas muy distintas.
No olvides respetar estos aspectos fundamentales
1. que tu HTML esté bien estructurado y cumpla con los estándares
2. su usas url dinámicas tratá de convertirlas a url amigables
3. Añade tu sitio a google en
http://www.google.es/addurl/
(si ya lo has hecho antes, no lo repitas, podés verificar buscando por "site:midominio.com", si google muestra resultados de las páginas de tu sitio , es que ya te indexó)
3. Utiliza la "herramienta de google para webmasters",
4. crea tus archivo sitemaps e indicale as google su ubicación con la herramienta anterior
5. si querés excluir secciones de tu web para que no sean indexadas, utiliza un robots.txt
Además no estaría mal que te leas la
http://www.google.es/webmasters/docs...s_busqueda.pdf (2008)
podes buscar la de 2010 actualizada (inglés)
Para terminar, Google te dice
Cita: Recuerda lo siguiente: solo necesitamos la página de nivel superior del host, no es necesario que envíes todas las páginas individuales. Googlebot, nuestro rastreador, encontrará el resto. Google actualiza sus índices de forma periódica, por lo que no es necesario enviar los enlaces actualizados u obsoletos. Los enlaces inactivos desaparecerán de nuestro índice en el próximo rastreo, cuando lo actualicemos íntegramente.
Saludos