No acabo de comprender muy bien, pero a ver si esto te sirve
function miBannera(ciudad)
{
ciudad2=ciudad
var cuala = Math.floor(Math.random() * maximoa);
var codigoa = '<A HREF="'+urlBannera[cuala]+'" TARGET="'+targetBannera[cuala]+'"><IMG SRC="actualizacion/banners/'+ciudad+'/'+imgBannera[cuala]+'" ALT="'+altBannera[cuala]+'" BORDER=0 WIDTH=165 HEIGHT=89></A>';
bannera.innerHTML = codigoa;
setTimeout("miBannera(
ciudad2) ", 5000);
}
Añade y/o cambia lo qe está en negritas y me cuentas.
saludos