Yo personalmente preferiría utilizar sólo el archivo de configuración del sitio en el directorio raíz y que hagas in include en el index.php, luego de eso dejas todos los demás archivos que contienen los demás códigos en una carpeta aparte (otro directorio) y en el index.php creas un código para que las llames el código dependiendo de cómo le hagas en el index.php.
Ejemplo:
http://tupagina.com/index.php?pagina=chat
y en el index.php busca "chat", el archivo que la contiene, y como se llama función que contiene el código.
Así te ahorras de estar haciendo el duro trabajo de ir haciendo el include archivo por archivo.