Lo más probable es que los procesos en base de datos tarden y estés ejecutando ese código en el hilo que se encarga de pintar las ventanas de java (el hilo en el que se ejecutan los clicks de ratón). Debes lanzar hilos separados para esos procesos que pueden tardar. Aquí tienes más detalles
http://chuwiki.chuidiang.org/index.p...El_hilo_de_awt
Se bueno.