Las validaciones no deberías hacerlas de esa manera. En lugar de usar un onclick como seguramente estás haciendo, deberías usar el evento onsubmit del tag form para disparar tu función de validación.
La pregunta sería: si no realizás la validación y usás un botón submit normal en tu formulario, funciona correctamente? Si esto es así, entonces, usando el evento onsubmit solucionarías tu problema. Si la respuesta es no (sería raro), habría que verlo subido a algún lado para ver cuál es el problema.
En este enlace verás cómo validar incorrecta y correctamente un formulario:
http://www.disegnocentell.com.ar/cur...rmularios.html