Checa si algna de estas opciones te puede servir.
Mediante programas
navicat (
http://www.navicat.com/)
Excel MySQL import Export (
http://www.sobolsoft.com/excelmysql/)
Con PHP
xls2mysql (
http://www.xls2mysql.com/)
Por comando
Si es posible guarda tu archivo de Excel como Texto separado por comas (CVS) y has esto:
load data local infile=nombrearchivoexportado into table=nombretabla
Saludos
Leo.