¿Cuál criterio? Por orden alfabético. Puedes agregar los archivos en arrays y luego lo sorteas
Código PHP:
Ver original<?php
foreach($files as $file){
$type = is_dir($file) ?
'dir' : 'file'; $f[$type][] = $file;
}
echo '<pre>';
echo '</pre>';
También lo podrías hacer por tipo de archivo, solo es cuestión trabajarlos con el array.