Efectivamente, si tienes más puntos se los come.
con el REGEXP o RLIKE vas a tener problemas, no creo que te solucine la papeleta :(.
tratar esos temas directamente en mysql suele ser dificil, lo vas a tener mucho más comodo en aplicación.
Si tiene que ser en la query, seguro que hay formas mejores, pero se me ocurre una chapuza:
como los puntos de los telefonos van a estar entre numeros, poner algo como esto (pero si encuentra ese pattern se lo carga :( )
pero lo mejor es por aplicación, si fuera java, te hago un método en un periquete xDDDD