No sé si te he entendido muy bien... porque a lo que yo he entendido la respuesta es demasiado fácil:
Código PHP:
include_once("boxApi.php");
$i=0;
while ($i < $num) {
$secret=mysql_result($result,$i,"secret");
$key=mysql_result($result,$i,"key");
$push[$i] = new BoxAPI('$secret','$key');
$push[$i]->notify('email@address','boxAPI','Hello Kshitij!','rand');
$i++;
}