Mover ficheros dentro del servidor con php

[nevergame]

Hola atodos por temas de seguridad cada cierto tiempo tengo que mover una estructura de directorios con su contenido a otro lugar, la cuestion es que lo hago manualmente mediante ftp, la cuestion es que me gustaria hacer un programa en php sencillo que me mueva los ficheros por mi lanzando ese script pero lo que encuentro es solo para ficheros y yo necesito mover estrcuturas de directorios completa , he buscado por intenet y no encuentro algo paracido y ya no se si lo tengo que hacer con hpp o con shell script no se que hacer.