Existen herramientas que te permiten ese tipo de migraciones. Una de ellas es
Bullzip.
Lo que te conviene es decidir por un modelo u otro.
Si vas a usar en forma definitiva MySQL, migra el proyecto completo a MySQL; pero si es sólo por usos transitorios y no será la plataforma definitiva, no tiene sentido. En ese caso te conviene usar el .mdb desde PHP.
Obviamente, MySQL es mucho más poderoso como motor de base de datos que Access, que apenas es un manejador de tablas con recursos de SQL incrustados (el DBMS de Microsoft es SQL Server, no Access), pero eso es una decisión de diseño y la tienes que tomar tu.