Si genera 3 archivos es por alguna razón NO solo para verse "bonito".
La principal razón seria por que no lo lee secuencialmente (o simplemente por un mal diseño)
Si puedes modificar el script en python, solo haz imprima los valores en el stdout y el programa en C++ que los lea desde el stdin. (Claro que todo depende que hace C++ con los archivos, que tal si lee en paralelo, o si los lee de alguna manera "extraña")
Te recomiendo leer tambien un poco sobre los
Streams Estandar