No entiendo mucho a lo que te refieres pero a ver, puedes hacer peticiones ajax mediante javascript a paginas php. Esto lo haces con XMLHttpRequest, o con algún framework como jquery o motools que hacen lo mismo pero más "amigable".
Y sino, puedes usar php dentro de javascript o viceversa, por ej:
Código PHP:
Ver original<?php
echo '<script type="text/javascript">'
echo 'alert("'.$_GET['variable'].'")';
echo '</script>';
?>
O sino
Código PHP:
Ver original<script type="text/javascript">
alert('<?php echo $_GET['variable']; ?>');
</script>