Poner header en otro sitio.

[American2010]

Creo que deberás ir probando, tendrías que llevarte parte del header.php por no decir entero, y revisar, porque seguro hará falta también llevarse el código que hace la llamada a las funciones de WP, que realmente no se cuales son.

Imagino que para cada Theme habrá variantes también, pero creo que un poco de prueba y error lo lograrás.
Aunque ya te digo, no es tarea fácil, o al menos me parece que no es tan sencillo como suena.

PD: No entiendo la gente que vota que no le ha gustado este tema, es interesante y todo un desafío en lugar de votar un "No" habría que ponerse a buscar soluciones.