Hola
Primero no entiendo bien cual puede ser el problema de la coneccion del win 98 con win 2000
necesitaria mas datos.
Pero si tu idea es instalar otro win2000 te recomiendo que instales el win2000 professional ya que windows 2000 server es mucho mas pesante que el professional y siendo solo dos pc's se me hace excesivo un s.o. server.
Tambien no te entiendo a que te refieres con servidor independiente??
ciao