Hola
Lo mas practico que puedes hacer desde win2000 entrar a panel de control, herramientas de administracion y ahi seleccionas administrar cumputer cuando se abra la ventana seleccionas administrar discos y ahi veras la segunda particion das click con el boton derecho del mouse sobre esa particion y seleccionar formatear ya sea a NTFS o fat 32
nota: de esta manera tendras el espacio vacio pero siempre en una segunda particion.
Buen trabajo
