Encontré esto :
http://www.imagemagick.org/script/compare.php .
Y acá su librería para PHP :
http://php.net/manual/es/book.imagick.php
El problema que veo en el ejemplo de comparar imágenes por línea de comandos, es que no te devuelve un valor que te diga : "Sí, son iguales" o "No, no son iguales". No sé si algún valor devuelto en los ejemplos podría indicarte la similitud.
Bueno, espero te sirva
.