Eso te lo hará siempre, cuando introduces un caracter, pulsas Enter, y System.in.read() también lo tiene en cuenta. La solución es que antes de salir del bucle de tratamiento del caracter que te interesa, añadas un System.in.read(); que no usas para nada, pero te sirve para obviar el "\n"
De todas formas te recomiendo usar la clase Scanner, es múchisimo más cómoda.
http://download.oracle.com/javase/1....l/Scanner.html