Pareciera que en ciertos servidores, los archivos se protegen y solo pueden ser modificados por quien los creo en este caso joomla... Para poder modificarlos tendrás que instalar un componente que modifique los permisos desde el mismo joomla, el componente se llama
Extplorer una vez instalado ingresa al mismo desde el backend y modifica los permisos a tus archivos o carpetas a remplazar para que permita escritura y lectura (chmod 777) y listo...
Espero haber servido de ayuda, Saludos...