EDIT: al final lo he resuelto poniendo:
Código PHP:
<?php $datos = $num.' => '.$user.' escribió el '.$fecha.':<br>'.$mensaje;
$id = fopen($archivo, 'r+');
$leer = fgets($id);
$car = strlen($leer);
fseek($id,$car);
fseek($id,-2,SEEK_END);
fwrite($id, var_export($datos, TRUE) . ',);');