Efectivamente tienes un error de parseo, de sintaxis.
Sólo tienes que reescribir la sentencia select:
Código PHP:
$sql="LOAD DATA LOCAL INFILE 'archivo.csv'
REPLACE INTO TABLE mitabla
FIELDS TERMINATED BY ','
ENCLOSED BY '\"' ESCAPED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\r' IGNORE 1 LINES";
A ver si esto marcha, salu2