esta consulta me tiene locoooo!!!

[jurena]

Todo lo referido a qué consulta lanzar dependiendo de si se selecciona en un selector o en otro, te lo resolverán en el foro PHP.

respecto a la consulta si sólo eliges el sector:
SELECT e.nombre_empresa FROM empresas e INNER JOIN `subsectores` ss ON e.id_subsector = ss.id_subsector INNER JOIN sectores s ON ss.id_sector = s.id_sector WHERE s.id_sector = 1

He inventado nombres de tabla y de campos que no nos has hecho llegar. Aquí busco todas las empresas del sector cuyo id_sector es 1.

Para los subsectores sólo tendrías que poner en el WHERE el id_subsector = a lo que sea.

Pero para saber cómo lanzar una consulta u otra, deberás preguntarlo en el foro PHP.
Por cierto, churretin, una cosa más: con la estructura que pareces tener, una empresa no puede pertenecer a dos subsectores de un mismo sector, ni tampoco a más subsectores, sean del mismo o distinto sector.
Para eso deberías sacar el id_subsector de la tabla empresas y crear una tabla subsectoresempresas con id_subsector e id_empresa. Eso te permitiría asignar a una misma empresa todos los subsectores que quisieras.