Basicamente no debes tener tanta complicación. Lo que deberias hacer es:
1. Tomar los archivos de la aplicación y copiarlos a C:\inetpub\wwwroot si quieres que esten dentro del propio directorio de IIS o bien dejarlos en C:\ si quieres que esten fuera, así tienes un poc mas de seguridad.
2. Abre la consola de administración de IIS, navega hasta default web site. Dale clic derecho y agregar nuevo directorio virtual. Luego le pones un nombre, que será el que utilizaras para acceder desde el web (por ejemplo sistemaconta) y luego en la ruta navega hasta el directorio que contiene los archivos de tu aplicacion.
Si gustas puedes darle en probar conexion para verificar que este bien, luego le das aceptar y listo.
3. Ve a tu navegador e ingresa:
http://localhost/sistemaconta/default.aspx
Saludos,