Hola Gleomar
La verdad es que estoy un poco verde en JavaScript, pero he estado haciendo pruebas. Te pongo el código tuyo modificado (hay un lado donde sólo hacías echos pero realmente no copiabas la información a las variables, ni veo dónde las variables JS recogen lo que contiene la variable PHP...). Yo lo he copiado en una página nueva y me ha funcionado. ¿Problemas? Que lo he hecho a pelo, sabiendo el número de arrays que va a haber. No he conseguido automatizarlo en bucles fusionando PHP y JavaScript. Yo te lo pongo de todas formas y a ver si te sirve algo:
Código PHP:
<?php
$totalproductos[0]="11|Cajetilla de tabaco";
$totalproductos[1]="22|Mechero zipo";
$totalproductos[2]="33|Papel de arroz";
$lineas=3;
for ($i=0;$i<$lineas;$i++){ // recorre lineas del archivo
$string2=explode("|",$totalproductos[$i]);
$x[$i]=$string2[0]; // asigna al arreglo x el codigo producto
$y[$i]=$string2[1]; // asigna al arreglo y el nombre del producto
echo "x[".$i."]=".$x[$i]."<br/>"; //muestra el contenido de x en PHP
echo "y[".$i."]=".$y[$i]."<br/><br/>"; //muestra el contenido de y en PHP
}
?>
<script language="JavaScript" type="text/javascript">
var x=new Array();
var y=new Array();
x[0]=<?php echo $x[0]?>; // Le mete el valor PHP a la variable x en JS
y[0]="<?php echo $y[0];?>"; // Le mete el valor PHP a la variable y en JS
x[1]=<?php echo $x[1]?>; // Le mete el valor PHP a la variable x en JS
y[1]="<?php echo $y[1];?>"; // Le mete el valor PHP a la variable y en JS
x[2]=<?php echo $x[2]?>; // Le mete el valor PHP a la variable x en JS
y[2]="<?php echo $y[2];?>"; // Le mete el valor PHP a la variable y en JS
for (i=0;i<3;i=i+1){
// Muestro la información
alert("x["+i+"]="+x[i]+"\ny["+i+"]="+y[i]+"\ny["+i+"].length="+y[i].length+"\n\nPosiciones X="+x.length+"\nPosiciones Y="+y.length);
}
</script>
Espero que te sea útil
Saludos!