sii tenes razón los JOptioPane solo son para aplicaciones de escritorio
para las aplicaciones web se utiliza los
alert
te voy a dejar un ejemplo
Código PHP:
<%
int a = 8;
if(a>10){
%>
<script>alert("siii");</script>
<%
}else{
%>
<script>alert("nooo");</script>
<%
}
%>
es solo un ejemplo muy sencillo espero que te sirva...