jsp se ejecuta en el servidor,
javascript en el cliente, por lo tanto cuando javascript se ejecuta jsp ya se ejecutó y por ende jsp no puede ejecutar javascript (a menos de que desde el server uses un analizador dom y emules js, cosa que veo complicada).
en el caso contrario, que quieras ejecutar jsp desde javascript, pudieras realizar peticiones AJAX al servidor, pero cuando la respuesta llega a javascript, jsp ya finalizó, has de entender que el ámbito de ejecución entre ambos lenguajes es diferente, suerte
