¿en cual navegador estas haciendo las comprobaciones? lo que pude notar es que por ejemplo en iexplorer8 si no indicas el atributo http-equiv del elemento <meta>, el navegador utiliza el charset predeterminado independientemente la codificacion utilizada para el documento. ¿no habra sido ese tu problema? si interesa, aca te dejo un tema donde se discutio acerca de los
charset, el cual tambien contiene unos buenos articulos.