Hola,
prueba como te han comentado y para el tema de las comillas repes usa el caracter de escape \ delante de cada comilla repe.
var marqueecontent='<font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="1">blablablablablablab<a
href="javascript:void window.open(\'http://www.yahoo.es/\',\'ventana\',\'width=200,height=200\')" class="ticker">Ver detalles. </a><p>If you find this script useful, please consider linking to us by <a href="../link.htm" class="ticker">clicking here.</a><p>Visit our partner <a href="http://javascriptkit.com" class="ticker">JavaScript Kit </a> for JavaScript tutorials.</font>'
Código PHP:
href="javascript:void window.open(barra'http://www.yahoo.es/barra',barra'ventanabarra',barra'width=200,height=200barra')"
Este pinche foro se carga la barra, substituye barra por \
