mira, definitivamente no importa como cargues los archivos... en cada uno que haga uso de la sesión debes usar
session_start() al inicio...
y debes evitar a toda costa enviar cualquier texto o salida antes de iniciar sesión, te invito a
buscar en el foro pues es un tema conocido.... y bueno, si puedes mostrar los mensajes completos de error sería mas fácil orientarte al respecto...