Si eliminas la o las particiones Linux, no vas a poder entrar a Windows, ya que Linux crea su administrador de inicio o gestor de inicio para preguntar si queres ingresar a linux o windows.
Al eliminar linux y reiniciar el equipo, te va a dar error y no vas a poder usarlo más a menos que recuperes el MBR (Master Boot Record).
Lo que yo te aconsejaría, es entrar a Windows, luego al administrador de discos, eliminar las particiones Linux y volver a crearlas para usarlas en windows.
Al finalizar, utiliza alguna herramienta en Live-CD o el DVD de instalación de Windows Vista, para recuperar el MBR.
Uno de los tantos comandos es FDISK /MBR.
Te dejo el filtro en google que usé para que veas la cantidad de formas de realizar una recuperación del MBR:
recuperar MBR "windows vista"
Nota importante: Siempre es recomendable, respaldar la información importante por cualquier cosa.
En mi caso y hasta la fecha (gracias a Dios), no he tenido problemas al recuperar los MBR.