Perdón la tardanza. No he podido probar el código, pero creo que es así:
style.php
Código PHP:
<?php
header('Content-Type: text/css');
$colorletra = "#333";
$colorfondo = "#9cf";
?>
body{color:<?php $colorletra ?>;background:<?php $colorfondo ?>;}
Y para llamarlo, solo cambias en el Link "style.css" por "style.php".
Avísame si te funciona correctamente. Suerte