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Iniciado por Vun 
Bueno, ese "Using temporary" son malas noticias, estamos forzando a MYSQL a crear una tabla extra temporal para tu consulta.
¿Que valores tienes en el campo operacion?
Crea un indice en la tabla stock para el campo id_sucursal
Supongo que ahi estara el problema. Al observar PROCESSES veo que se queda en "Copying to tmp table" y ahi es cuando se tira todo el rato procesando.
Los valores de operacion solo son 3: ALTA STOCK, MOVIMIENTO STOCK, ASIGNACION