Mejor varias tablas o varias bases de datos distintas?

[gnzsoloyo]

Depende del sistema que estés diseñando. No de la cantidad de bases que puedas crear.

Si una base de datos es es un conjunto de tablas, relaciones, procedimientos y restricciones pertenecientes a un mismo contexto o sistema, almacenados sistemáticamente para su uso, entonces sólo tiene sentido crear varias bases de datos si los contexto o límites del sistema que aporta y recibe datos son diferentes.
No tiene sentido hacer una base de datos para facturar y otro para cobrar en una misma sucursal, pero si tiene sentido hacer una base de datos para una sucursal y otra para la casa central, ya que los límites dados a esos sistemas son diferentes, y las decisiones que se toman en ellos son distintas.