tienes que deshabilitar una opción de windows para que netbeans, que hace que la transferencia o comprobación de archivos no sea lenta, deshabilita la opción, Remote Differential Compression. Las instrucciones aquí: http://www.windowsreference.com/windows-7/slow-network-file-copy-issues-in-windows-7-caused-by-remote-differential-compression/
Cita: Faster Scanning Via a VPN Connection
Scanning projects can be very slow over a VPN connection on Windows 7. One solution is to disable the Remote Differential Compression.