corazon que te parece si a la comparacion le pones application/x-zip-compressed:
Código PHP:
is_uploaded_file($_FILES['apl']['tmp_name']);
if($_FILES['apl']['type']!="application/x-zip-compressed")
{
echo "El archivo que intentas subir como no tiene formato .ZIP <a href='javascript:history.go(-1);'>Regresar</a>";
}
else
{
move_uploaded_file($_FILES['apl']['tmp_name'], 'carpeta/'.$descarga) or die ("Error al cargar el archivo. <a href='javascript:history.go(-1);'>Intentarlo de nuevo</a>");
//Aquí añado el nombre a la base de datos.....
}