Al estar leyendo el fichero de forma secuencial, no vas a volver al principio, sino que vas a ir leyendo hasta el final del fichero, es decir, que cuando termine con la fila3, seguirá en la fila4 aunque tu hagas el insert (y todo lo demás)
Deberías mirar el manual, pero mientras, aquí tienes un ejemplo, sacado de la misma página de php.net
Código PHP:
$f=fopen($file,'rb');
$data='';
while(!feof($f))
$data.=fread($f,$size);
fclose($f);
Ese while, va leyendo el contenido del fichero, linea por linea, hasta llegar al final, en realidad, lees la linea con fread, en el while, compruebas que no estés al final del fichero.