Archivos en el host sólo accesibles al webmaster?

[Vun]

Podrias guardar los archivos fuera del Public_root, es decir, donde tengas el index.html de tu pagina, ahi solo se va a poder entrar por FTP ¿eso te sirve?

Otra idea es que en una pagina pidas contraseñas y si la introduces bien grabes una variable de session con cierto valor y redirijas a zonadmin.php, donde lo primero que has de preguntar es si la variable de sesion de antes contiene el valor correcto de haberse logueado.