Perdón, di por enterado que tenías ya ciertas bases. Digamos que tienes una carpeta como esta:
/mipagina
→index.html
→style.css
→script.js
Dentro de tu html al comienzo, tendrás unas líneas como estas:
Código HTML:
<head>
<title>Mi página</title>
<link rel="stylesheet" href="style.css" type="text/css" />
<script type="text/javascript" src="script.js"></script>
</head>
De esa forma, llamas al CSS y al JS. Espero esto aclare tus dudas, suerte