incluis el helper javascript en tu controlador
var $helpers = array('Javascript');
y en tu layout para que enlace al archivo, o sea
<script type="text/javascript" src="nombrearchivo.js" ></script>
hace un
echo $javascript->link('nombrearchivo');
igual jquery no es el problema sino el framework cakephp y su helper javascript, mejor preguntar en el foro php :)
en illasaron
http://illasaron.com/ hay un videotutorial de cakephp muy completo por si te interesa