Ronnin, es posible ejecutar el comando crontab desde php, eso si, lo ejecuta el usuario que está corriendo el script (ejemplo www-data), utilizando alguna función de ejecución de comandos, como exec.
cron.txt
Código:
0 12 * * 0 /usr/bin/wget -N -q "http://deerme.org"
Código PHP:
exec("/usr/bin/crontab /tmp/cron.txt");
Saludos.