Ya lo he hecho como dice en el manual y no hay problemas con los links si tienes mantienes tu htaccess y el index juntos y los paths correctos. Si quieres que tu blog o sitio aparezca como
www.midominio.com en vez de
www.midominio.com/micarpeta debes mover tu htaccess e index al root y modificar en el index lo siguiente:
Código PHP:
Ver originalrequire('./wp-blog-header.php');
...a esto:
require('./micarpeta/wp-blog-header.php');
Y eso sería todo.
Me olvide tu acceso al panel se mantendría como
www.midominio.com/micarpeta/wp-login.php
Saludos