Creo que la respuesta acertada es RMI:
1. Creas una aplicacion RMI Servidor (La que va a ejecutar las lineas de comandos en la maquina)
2. Aplicación Cliente (La que le va enviar la orden al Servidor de que ejecute las lineas de comando).
Aqui te envio info gracias a al usuario:
chuidiang http://www.chuidiang.com/java/rmi/rmi.php
Espero te sirva.