Podrías empezar por aprender a modificar los archivos que contendrán los contadores, aunque he visto que muchas, por no decir todas, las funciones que usa C/C++ para tratar archivos son las mismas de PHP.
Aquí tienes un pequeño ejemplo de como sumar los visitantes que entran :
http://www.desarrolloweb.com/articulos/1304.php
Con respecto a los que salen, lo único que se me ocurre es con Javascript detectar que el usuario cierra la ventana, y hacer algo con Ajax para que PHP sume el visitante que sale
.
Bueno, cualquier duda, acá estaremos.