Filtrado de tres tablas

[gnzsoloyo]

A mi a simple vista me huele que la relación está mal definida...
Si una tienda existe, la tienda posee estos atributos al menos:

Tienda(cod_tienda, nomrbe, direccion)

Si existen productos, la tabla productos tiene estos atributos al menos:

Producto(cod_producto,descripcion, precio)

si una tienda tiene productos, sus atributos son:

Tienda_Producto(cod_producto, cod_tienda, stock)

.
Si hay un almacen centralizado para abastecer a las tiendas, entonces podría ir:
Almacen(cod_almacen, cod_producto, stock)
pero esta última tabla no sirve por sí misma para saber la relación entre tienda y producto.
Con esta estructura,

Código MySQL:

SELECT cod_producto, descripcion, cod_tienda
FROM producto JOIN tienda 
WHERE (cod_almacen, cod_producto) NOT IN (SELECT cod_almacen, cod_producto FROM almacen);
 

devolvería qué productos no aparecen en qué tienda.

Con la tuya, puedes averiguar cuáles productos no están en tiendas, pero en principio, si hay más de una tienda y más de un producto, no puedes saber cuáles tiendas y cuales productos son, porque serán respuestas por NULL. Y el NULL repetido genera indeterminación.